主题:从蚂蟥来源的血栓类药物 -- 立秋
我刚刚看了Hirudin和凝血酶复合体的结构,N-端的3个氨基酸看样子正好是结合在凝血酶的活性位点上的。凝血酶是一种蛋白酶,正常情况下它的底物是一个肽段,在活性位点被切掉,而hirudin的N-端3个氨基酸把这个位置给堵上了。我觉得改变这3个氨基酸似乎不应该影响多聚体的形成。首先,3个氨基酸是很短的,不大可能为二聚化提供足够的亲和力;其次,在一个蛋白末端,又没有结构约束的一小段肽是不大可能有稳定的结构的。如果这3个氨基酸参与了二聚体的形成,NMR应该能检测到三个氨基酸都受到结构约束(NMR constrains)。而1989年hirudin的NMR结构已经表明至少hirudin的头两个氨基酸在溶液里是没有稳定的结构的(外链出处)。
我查了一下,从蚂蝗来的hirudin,是一些序列上略有不同的变体的混合物(外链出处),最主要的区别是,它们在N-端的3个氨基酸有些不同。前面说了,这3个氨基酸也正是结合凝血酶的关键部分。最早发现的是序列是VVY,然后又发现了有ITY,VSY这样的不同序列,而它们都是自然状态下的蚂蝗产生的。我不知道那个专利用的是什么,不过我感觉似乎N-端3个氨基酸并不关系dimer的问题,而是有关这些isoform与凝血酶的亲和力。
另外我有些好奇,你们是用什么办法把重组表达的hirudin的N-端切到这3个氨基酸的?从hirudin和凝血酶的复合体结构看,好像N-端如果多一两个氨基酸,就不成了,而常用的酶似乎经常都带点尾巴,您们用factor Xa或者EK?
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🙂中世纪欧洲也用蚂蟥 cdcdcdd 字146 2007-12-27 11:05:43
🙂花生屯就是放血防死的 参商 字0 2007-12-30 11:19:17
🙂花 无术 字0 2007-12-26 23:02:43
🙂探讨一下
🙂二狗心细啊,赞叹一个 1 立秋 字484 2007-12-27 01:46:45
🙂那N端的met是怎么去的呢? 王二狗 字113 2007-12-27 15:45:20