主题:【原创】中日欧非印人类全基因组数据的聚类图 -- 瓦斯
这是一个纯属个人业余好奇所做的事情。
原始数据下载自[URL=ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/hapmap/raw_data/hapmap3_affy6.0/]ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/hapmap/raw_data/hapmap3_affy6.0/[/URL]。压缩文件总计大小约37G。包含中日欧非印等11个人类群体,总人数约1300人。
解压后可以得到每个人的二进制原始数据,每个文件约66M,每个人都有全基因组一百万个位点的基因型数据,总计大小约81G。
这是11个群体的缩写:
ASW African ancestry in Southwest USA
CEU Utah residents with Northern and Western European ancestry from the CEPH collection
CHB Han Chinese in Beijing, China
CHD Chinese in Metropolitan Denver, Colorado
GIH Gujarati Indians in Houston, Texas
JPT Japanese in Tokyo, Japan
LWK Luhya in Webuye, Kenya
MEX Mexican ancestry in Los Angeles, California
MKK Maasai in Kinyawa, Kenya
TSI Toscans in Italy
YRI Yoruba in Ibadan, Nigeria
本图采用Nature 456, 98-101 (6 November 2008)文中描述的软件制作。
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🙂【原创】中日欧非印人类全基因组数据的聚类图
🙂对这张图有些疑问 1 看文章 字215 2010-05-01 20:16:13
🙂两地的日本人也有分离的情况,实验室之间的差异应该有的 瓦斯 字174 2010-05-01 21:34:01
🙂关注一下 1 空格 字41 2010-04-30 03:46:34
🙂是直接用100万个SNP开始的,计算时间超过100小时 瓦斯 字280 2010-04-30 03:53:20
🙂这一百万个位点的选择性是不一样的 1 空格 字391 2010-04-30 04:11:18
🙂hapmap上面有400万个位点的数据,我只挑了最新的 瓦斯 字266 2010-04-30 04:16:55
🙂呵呵,所以很佩服你啊 1 空格 字0 2010-04-30 04:57:59