淘客熙熙

主题:【原创】留学生活杂记 -- 熊猫

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家园 晕死,你要的序列是多长不考虑吗

如果正好从你需要的序列中间断掉呢?如果断的很乱呢?如果你不计成本自然可以来那么做,但是如果只是实验过程中的一小部分,我觉得还不如直接用其他保存剂保存算了。

我们做一个生物的co1的时候就出现这种问题。线粒体dna啊,量那么大。长度只有700bp,也不算长。

这个虫子的dna含量很高,但是都碎掉了。提取完后一做pcr,结果发现根本没有p出来所要的序列,得到的结果是一片亮光,而不是其他种类那样整齐的带。师兄就说估计是断掉了,dna分解所致。

后来我们又重复好几次,结果都是同样的结果。这个虫子同属的其他虫子的结果都挺好的。只有这一个,是这样的结果。我们就猜可能是这个虫子体内有酒精不能抑制的dna降解酶。当然这只是一种可能。

于是我们采用了液氮现场冷冻的做法,终于把这个虫子的co1序列给p出来了。

这个虫子在中国近海桡足类中占的地位还蛮重要的,近岸以及远海,整个西太平洋都很常见的种类。你所说的做甲酰化的其他技术方法我不懂,但是如果有的话,我师兄一定也想到了。可是我们都没有采用这种方法。我的主要工作是提供样品,鉴定依据,我师兄是分子,我是上游他是下游。具体的一些技术细节我不懂。

我们过些时间打算做一个不同保存剂在保存dna方面的效果的比较。现在还没有开始做。

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