淘客熙熙

主题:【原创】留学生活杂记 -- 熊猫

共:💬541 🌺3042 新:
分页树展主题 · 全看首页 上页
/ 37
下页 末页
      • 家园 天天用福尔马林的熊猫同学

        突然想起一个事儿来。福尔马林固定的样品,染色体会有什么问题?能用来测序吗?

        • 家园 应该没问题吧

          经常见到AppliedBiosystems广告上讲用这种样品提RNA或DNA做PCR,有专门的试剂盒卖

        • 家园 我可以告诉你那是不可以的。如果用中性福尔马林应该也不好用

          偶们做形态鉴定和分子鉴定,就是用福尔马林最多的生物学的分支,偶们的用来做分子的样品都是用酒精的~~~

          如果需要保存的东西用酒精保存,形态保持效果不太好,可以尝试用dmso。

          • 家园 测序并不依靠形态

            即使断裂都没关系,只要断裂的片断不要低于100-1000bps,都是有可能的,唯一的问题是化学结构不能变化,或者说可以扩增就行了,毕竟很多医学样本都是福尔马林固定的。

            • 家园 你测序是不需要形态鉴定,那是因为你已经知道你要测什么了

              这和我们遇上的情况是两码事情。

              不过,你做的东西事前也是找人鉴定过或者有确切依据他到底是什么的吧。

              如果序列搞得太乱太短的话,拼也是不好拼的。

            • 家园 但是你要拼起来啊,而且还牵涉到碱基会甲酰化

              处理起来很麻烦的。如果你不计成本不怕麻烦那是另当别论。

              我们其实一直想解决这个问题,这样就能对标本馆里大量的样品进行测序了。但是我师兄一直没有找到方案。

              • 家园 现在不都用DHPLC了吗,比测序更精确
                • 家园 卢刚

                  老余不提醒我都没注意。六年不发贴,这位卢兄可能早离开河里了把。

                  想起当年震动中美的血案,我在国内也知道。后来竟天天在当年喋血的楼里出出进进。爱大中国学生会办了一份杂志好像叫<居荷>,有一期登载了一篇回忆卢刚的文章,对事件前后钩沉极为详尽。

                  一晃竟然几十年过去了。

                • 家园 哥们你这ID不知道还有多少人记得

                  怀念一个有血性的人。

                • 家园 你得看你的目的是什么啊

                  我们的目的是建立一个数据库,然后呢,可以用它来做很多事情。比如我师兄前几天检查我毕业的师弟留下的数据,就发现,他测出来的水母样品的基因,其实是其他生物的。这就说明这些生物是在水母的胃里面的。由于水母的序列特别难以被p出来,用其他生物的通用引物就可以检验水母摄食涉及到的种类。这将是一个很好的工具。

                  如果你只是就做这一锤子买卖的话,当然用那些方法更好。但是我们要讲长远。我们长期的要建立一个中国近海浮游生物甚至底栖生物的数据库,分子数据和形态学相对应,一来可以给以后的形态学提供基础,二来可以以此探讨传统手段解决不了的其他生态学问题。这些工作将是很有意义的。

              • 家园 测序本身就是在拼啊

                NGS无论是de novo还是resequencing,都是小段儿拼的,要不怎么会有deep sequencing的说法儿?

                甲酰化是methylation吗?如果是这样,methylation的sequencing不能做,不知道做chip-seq是否可行?

                • 家园 晕死,你要的序列是多长不考虑吗

                  如果正好从你需要的序列中间断掉呢?如果断的很乱呢?如果你不计成本自然可以来那么做,但是如果只是实验过程中的一小部分,我觉得还不如直接用其他保存剂保存算了。

                  我们做一个生物的co1的时候就出现这种问题。线粒体dna啊,量那么大。长度只有700bp,也不算长。

                  这个虫子的dna含量很高,但是都碎掉了。提取完后一做pcr,结果发现根本没有p出来所要的序列,得到的结果是一片亮光,而不是其他种类那样整齐的带。师兄就说估计是断掉了,dna分解所致。

                  后来我们又重复好几次,结果都是同样的结果。这个虫子同属的其他虫子的结果都挺好的。只有这一个,是这样的结果。我们就猜可能是这个虫子体内有酒精不能抑制的dna降解酶。当然这只是一种可能。

                  于是我们采用了液氮现场冷冻的做法,终于把这个虫子的co1序列给p出来了。

                  这个虫子在中国近海桡足类中占的地位还蛮重要的,近岸以及远海,整个西太平洋都很常见的种类。你所说的做甲酰化的其他技术方法我不懂,但是如果有的话,我师兄一定也想到了。可是我们都没有采用这种方法。我的主要工作是提供样品,鉴定依据,我师兄是分子,我是上游他是下游。具体的一些技术细节我不懂。

                  我们过些时间打算做一个不同保存剂在保存dna方面的效果的比较。现在还没有开始做。

                  • 家园 你所说的是基因组组装

                    那只是NGS的一个功能,更多的在于诊断测量。对于医学样品,因为人类基因组已经知道,所以map回去不是问题。

                    NGS里商业化产品,最近投入的也就平均1000bp,以前最多也就是4、500个的样子,但是short read很多。现在做测量最常用的也就是100bp上下,但是这样的片断一般可以到million一级的,也许明年会接近billion级。

分页树展主题 · 全看首页 上页
/ 37
下页 末页


有趣有益,互惠互利;开阔视野,博采众长。
虚拟的网络,真实的人。天南地北客,相逢皆朋友

Copyright © cchere 西西河