主题：【原创】留学生活杂记 -- 熊猫
家园 天天用福尔马林的熊猫同学 突然想起一个事儿来。福尔马林固定的样品，染色体会有什么问题？能用来测序吗？
家园 应该没问题吧 经常见到AppliedBiosystems广告上讲用这种样品提RNA或DNA做PCR，有专门的试剂盒卖
家园 我可以告诉你那是不可以的。如果用中性福尔马林应该也不好用 偶们做形态鉴定和分子鉴定，就是用福尔马林最多的生物学的分支，偶们的用来做分子的样品都是用酒精的~~~
如果需要保存的东西用酒精保存，形态保持效果不太好，可以尝试用dmso。
家园 测序并不依靠形态 即使断裂都没关系，只要断裂的片断不要低于100-1000bps，都是有可能的，唯一的问题是化学结构不能变化，或者说可以扩增就行了，毕竟很多医学样本都是福尔马林固定的。
- 复 测序并不依靠形态
家园 你测序是不需要形态鉴定，那是因为你已经知道你要测什么了 这和我们遇上的情况是两码事情。
不过，你做的东西事前也是找人鉴定过或者有确切依据他到底是什么的吧。
如果序列搞得太乱太短的话，拼也是不好拼的。
家园 NGS一个功能是组装 不过更广泛的应用在测量。
- 复 测序并不依靠形态
家园 但是你要拼起来啊，而且还牵涉到碱基会甲酰化 处理起来很麻烦的。如果你不计成本不怕麻烦那是另当别论。
我们其实一直想解决这个问题，这样就能对标本馆里大量的样品进行测序了。但是我师兄一直没有找到方案。
家园 现在不都用DHPLC了吗，比测序更精确 家园 卢刚 老余不提醒我都没注意。六年不发贴，这位卢兄可能早离开河里了把。
想起当年震动中美的血案，我在国内也知道。后来竟天天在当年喋血的楼里出出进进。爱大中国学生会办了一份杂志好像叫＜居荷＞，有一期登载了一篇回忆卢刚的文章，对事件前后钩沉极为详尽。
一晃竟然几十年过去了。
家园 哥们你这ID不知道还有多少人记得 怀念一个有血性的人。
家园 你得看你的目的是什么啊 我们的目的是建立一个数据库，然后呢，可以用它来做很多事情。比如我师兄前几天检查我毕业的师弟留下的数据，就发现，他测出来的水母样品的基因，其实是其他生物的。这就说明这些生物是在水母的胃里面的。由于水母的序列特别难以被p出来，用其他生物的通用引物就可以检验水母摄食涉及到的种类。这将是一个很好的工具。
如果你只是就做这一锤子买卖的话，当然用那些方法更好。但是我们要讲长远。我们长期的要建立一个中国近海浮游生物甚至底栖生物的数据库，分子数据和形态学相对应，一来可以给以后的形态学提供基础，二来可以以此探讨传统手段解决不了的其他生态学问题。这些工作将是很有意义的。
家园 测序本身就是在拼啊 NGS无论是de novo还是resequencing，都是小段儿拼的，要不怎么会有deep sequencing的说法儿？
甲酰化是methylation吗？如果是这样，methylation的sequencing不能做，不知道做chip-seq是否可行？
家园 晕死，你要的序列是多长不考虑吗 如果正好从你需要的序列中间断掉呢？如果断的很乱呢？如果你不计成本自然可以来那么做，但是如果只是实验过程中的一小部分，我觉得还不如直接用其他保存剂保存算了。
我们做一个生物的co1的时候就出现这种问题。线粒体dna啊，量那么大。长度只有700bp，也不算长。
这个虫子的dna含量很高，但是都碎掉了。提取完后一做pcr，结果发现根本没有p出来所要的序列，得到的结果是一片亮光，而不是其他种类那样整齐的带。师兄就说估计是断掉了，dna分解所致。
后来我们又重复好几次，结果都是同样的结果。这个虫子同属的其他虫子的结果都挺好的。只有这一个，是这样的结果。我们就猜可能是这个虫子体内有酒精不能抑制的dna降解酶。当然这只是一种可能。
于是我们采用了液氮现场冷冻的做法，终于把这个虫子的co1序列给p出来了。
这个虫子在中国近海桡足类中占的地位还蛮重要的，近岸以及远海，整个西太平洋都很常见的种类。你所说的做甲酰化的其他技术方法我不懂，但是如果有的话，我师兄一定也想到了。可是我们都没有采用这种方法。我的主要工作是提供样品，鉴定依据，我师兄是分子，我是上游他是下游。具体的一些技术细节我不懂。
我们过些时间打算做一个不同保存剂在保存dna方面的效果的比较。现在还没有开始做。
家园 你所说的是基因组组装 那只是NGS的一个功能，更多的在于诊断测量。对于医学样品，因为人类基因组已经知道，所以map回去不是问题。
NGS里商业化产品，最近投入的也就平均1000bp，以前最多也就是4、500个的样子，但是short read很多。现在做测量最常用的也就是100bp上下，但是这样的片断一般可以到million一级的，也许明年会接近billion级。