主题：【野狐禅】慎独 -- 水风
- 复 记得有一句话
家园 web2.0刚出来的时候， 好像也有类似的问题，不过照样活过来了。当然3.0会怎么样是另一回事。
正是由于Illumina的出现，打破了Affymetrix的垄断，所以成本降到原来的1/10，也就是说普通老百姓得到自己的genome并且了解基于遗传的健康信息成为可能，这也是为什么23andme被大家看好的原因。但是，诚如你所说，这里面还有大量的工作要做，但是蕴含的商机已经显露出来。就是Affy，也开始向consulting转向。
事实上，可以设计合适的探针来做这个。一个Chip上放上万个探针是很平常的事儿，可以很快地得到统计学意义上的SDE gene，但是生物学意义上的SDE gene，则需要很多努力。
家园 现在的最新芯片 已经是1000X1000了，据说技术上上，很快可以达到2000X2000的水平了。理论上，分辨率可以达到每芯片上千万的水平。所以最新的预期是2015年，个人基因组测序的花费是100美元，包括从收集血液开始，到拿到全序列。
这个技术上已经完全没了问题，问题还是在于如何去解读。要想赶在收集足够的个人基因组之前能够完成这种研究，只有一个法子，就是利用现在过剩的生物学博士生和博士后的资源，开展工厂式操作，每个人发给一个基因，然后有操作规程，去做就是了。这就是我所说的PHD蓝领化。这不是危言耸听，即使政府不这样干，也会有大公司自己投资这样干的。
跟基因组不同，这个解读，一旦完成，甚至是部分完成，可是会完完全全的产生直接经济效益的。
所以，目前这个状况，与web2.0是完全不同的。因为涉及到直接的经济利益和个人机密信息的掌控。
- 复 现在的最新芯片
家园 做一个常规的Ilumina片子 现在基本上也就100块钱。这也是为什么Illumina在欧洲攻城略地，而北美市场上，affy也只有招架之功，而无还手之力。其实台湾有公司只要70来块，包运费都能做。如果只用现成的软件，大约两三个小时就可以交出一个gene list，但是这个统计学上的SDE genes，是不是有生物学意义的SDE gene，就很难说了。相信统计软件出来的type I error绝对很大。
如果是cell line的实验，结果一般会非常好。假如只是挑几个做RTPCR去Validate，一个phd/postdoc大概几个月就搞定。可是如果想完全搞清楚一个通路，不要说一个PhD/postdoc了，很多lab一直都在搞一个。目的不同，投入不同。而对于Microarray来讲，基于统计的分析应该不是一个big deal，但是对于生物学/医学的分析，就需要一个经过训练的PhD/senior MS
in bioinfo/biostat 来做了。好的分析员，不仅要懂得统计算法，而更重要的是理解生物/医学背景，懂得如何利用现有的资源(gene ontology, gene interaction, pathway analysis, etc)尽可能的降低false positive。对于基因解读，需要各个方面的努力，才可能在可以接受的时间内完成一定层次的分析。其实，说道蓝领PhD，那些在公司里的PhD们不都是吗？每年那么多毕业的PhD，又有多少进入学术界？对大家而言，不就是一份工作嘛。说到贡献，开创性的工作固然伟大，但是如何转入实际应用对普通人而言才更有意义。
- -- 系统屏蔽 --。
家园 所以这玩意儿到最后 就不仅仅是自然科学可以结决的了。就像克隆羊一样，会有很多其它的问题。想来OP只是在探讨生命科学或者某些相关的哲学问题，而非社会科学里的解决办法。坦白的说，这些问题，至少现在看起来，难以解决。
- 复 【野狐禅】慎独
家园 许久没看到妖道的文章了 花 过去我就有这种感觉 中医的一些个理论似乎太超前了
你对个体差异的描述 似乎也可以关系到 社会学 、人类学、经济学中东西
只不过千头万绪太多 “网”上铰接点太多
想想都头晕 - 复 【野狐禅】慎独
家园 好像结论说反了吧 整体和个体的关系：
到底是从个体到整体还是从整体到个体？这个和中医联系起来太牵强附会了。中医的理论基础是“天人合一”，是说人和自然界是互动的，和这个“独”没有关系吧。
科学的研究仍然建立在“假说”＋“实证”，需要走出什么束缚吗？
我觉得这篇文章的主要议题是：依据基因去判别人容易患什么病遇到了巨大的麻烦。这里面看不出哪里是逆西方科学思想的。解决这个麻烦，还是要靠“实证”。靠虚的更靠不住。
- 复 好像结论说反了吧
家园 好像没说反吧？ 传统的科学研究包括两大方面，一方面是“假说”然后“实证”；另一方面，是不爱吱声所讲的，分解细化，就是分科而学。
这不是个体与整体的对立，而是在研究的时候，对于整体进行分解细化，和理解细节之后，如何将细节整合为一个整体的对立。而后者，一直都是西方科学界所忽视的。
中医的理论基础，在妖道看来，也分为两方面。一方面是，动态的平衡；一方面，是相互制约、相互促进的联系。“天人合一”，那是讲的“道”，那是中医所代表的传统理论的终极目的，而不是中医本身。中医本身是研究如何利用相互制约、促进的的联系，来达到动态的平衡。
而将细节整合为整体的过程，必须要考虑的两大重要因素，一个就是细节间的相互作用；另外一个就是如何将这些相互作用，整合到一个不断变化的体系中，而取得我们所希望的平衡状态。
在这一点上，这两者的最终目的，是完全一致的。但也仅仅是在这一点上而已。
西方科学的方法论，还是绝对不会放弃的。在这里，要改变的，仅仅是一个大方向的问题。就是以前都是从整体到细节，现在来了个180度的大转变，想要从细节整合出整体。这个，更多的意义上，似乎是一个哲学问题。
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以下文字，与穷得叮当响的话题无关
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另：中医的理论，无论是阴阳五行，还是经络穴位，就我看来，目前的理解，都太局限在字面意义上了。
就如同《道德经》的开篇所说的，“道可道，非常道，名可名，非常名。”语言的应用存在其指代性，也因为这个指代性的非单一存在，而具有了不确定性。而这个不确定性，造成了我们无法精确描述所要表达的意义。
你理解了这一点，就会明白，无论五行，阴阳，还是经络穴位，都只是一个指代。就是说，我明白这个意思，但是我直接给你说确切的描述，比如说，完全的数学公式来描述我们身体中的某类构造的运行，你是完全不明白的，当然我也没有那个能耐给你描述出来，那么我们如何交流呢？所以只能够运用能够被彼此理解的语言来描述这些过程。所以，你明白了。但是你明白的，不是那个确切的过程本身，而是我给你的类比。虽然我自己的理解，也并不确切。但现在的问题是大家都把这个类比当作了确切的过程本身，然后去孜孜以求，这分明就是刻舟求剑么。
所以中医理论，是逾求逾模糊。真正想要明白，还是必须要自己实践操作一下。然后才会理解，那些拗口的描述，究竟是为了说明什么。
- 复 【野狐禅】慎独
家园 医学和生物学其实是最后走入整体论泥潭的 基于分析的医学和生物学在现代科学中出现的最晚，很多基本原理都没搞清楚，现在要吹牛开始研究整体论其实还早。
物理学，化学，基于数学的信息科学，以及其他各类工程学科本质上都早早出现了基本原理与解决复杂的实际问题的巨大鸿沟。
就化学而言，虽然基于量子力学的从头算技术和分子动力学，以及热力学，反应动力学等等基本理论远较医学基本理论成熟，但实际工作中顶用的，还是那些唯像的经验公式。
例如混合物的性质，目前就是一个看不到解决希望的整体论问题。很多化学配方中，各组分的比率，添加次序，反应条件，对最终性质有极大的影响，这些经验就是各大化学公司的不传之秘。
家园 生物医学已经开始动手了 最近的一个将要宣布的大项目，要雄心勃勃的检测10万人的全基因组序列。相信不久就会向全球征集志愿者了。这个项目如果能够成行的话，将会汇聚包括，基础生物学研究，临床治疗，传染病研究，公共卫生，医疗保健，社会心理学，以及各个政策研究机构和政府组织在内的庞大的研究队伍。很多人已经在私下里称为生物学里面的阿波罗计划了。
所以，虽然生物医学很可能是最后遇到这个瓶颈的，却有可能是第一个打破这个瓶颈的学科。
但是，我还是期待在数学界，尤其是应用数学界的天才们能够给出一个如何研究这种复杂的整体体系的一个可行性的方案。毕竟西方的科学体系，一向是以数学作为所有学科发展的先锋，然后是物理学和化学跟上，然后是应用技术学科产生成果，最后才轮到生命医学来应用这些成果来开展自己的研究和发现。
家园 可能会出不少成果，但突破瓶颈概率很小 继续拿化学做比较，化学的投入远大于此，复杂性远小于此，实验的精确程度高而花费低，搞了一百多年的结果，是发现瓶颈似乎变成了死路，不是做不出来，而是得不偿失。一个甲醇燃烧的化学反应，有80几种中间产物，化学家借助计算机技术已经大致清楚了。但庚烷燃烧，就出现了上千种中间产物，百万计的反应过程。对于汽柴油的燃烧，化学家对原理基本搞清楚了，却没人刚夸口从原理开始整体论研究。
整体论问题，在理想情况下（即测量和计算完全无误差下）在数学上可以看作NP完全问题，不是解决不了，而是随着目标精度的提高，花费的资源以指数甚至超指数形式增加。
目前成熟的学科，一般都有这几级体系：基本原理-》基于统计学和主要因素近似的学科原理-》唯像理论-》经验公式和事实数据-》实际问题。看看几十年内生物学能否达到这个水平了。
家园 说得透彻 但是生物医学好像发展的阶段跟你描述的有所差异。目前所谓的基本原理，我想没有人敢说是真正存在的，或者被已经总结出来了。反而是事实数据和经验公式、操作判断，已经有了很大的一堆数据。目前据我认为，正在向学科原理那一步发展。统计学辅助的判断，已经成为了一个必然的趋势，虽然那还没有走到物理学，化学那么深入的程度。
所以说，生物学的发展模式，好像跟物理学和化学等成熟学科整个的倒过来了。所以说，这种模式倒是有可能打破这个从细节整合为整体的瓶颈的。至少是别辟僻径，有着潜在的可能。