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主题:【原创】新冠疫情发展的不负责推测 -- 菜根谭

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              • 家园 换个角度看

                其实疫苗有效性及病毒变异程度最终都会影响抗体对抗病毒的效期,并与封城等联合防控干预手段一起共同影响到现实世界病毒传播的有效再生数Rt,由此预测疫情发展的各种可能趋势。

                不过由于影响因子不同,各种模型推导的结果必然会存在很大差异。上述疫情初期的报告也算是完成阶段性任务了。

      • 家园 其实这里不适合用「提高」「下降」

        传染力提高,致病性下降。

        只能说omicron传染力比delta高,毒力略低于delta。因为omicron并不是delta的儿子或者孙子。

        就整个毒力演化路径而言,Omicron的毒力:比原始株更高,比最近祖先B.1.1也更高,比同辈Alpha还是更高,比八竿子打不到一块儿的大表哥Delta则略低0~30%左右。

        所以很可惜,新冠病毒的毒力演化规律并没有发生转向,还是在越变越强~

        https://mp.weixin.qq.com/s/rWwT7eCEpIfyz0nhmygSrg

      • 家园 Omicron的一大风险看起来就是罹患率,病毒迭代算力剧增

        根据挪威/英国几次群体感染的数据,大概Omicron的罹患率在70%以上,这还是在完成疫苗接种的人群当中...

        根据欧美现在的抗疫举措,未来半年,很可能全世界70亿人口除去中国之外的人口一半以上可能被会感染,也就是30多亿......(到目前为止,全世界确诊的新冠病例才不到3亿),咱们就算算力X10吧;

        还有报道说,Omicron变种的病毒载量很高,也就是病毒复制更多,这儿还能至少再增加一个量级的算力:X10;

        也就是Omicron的病毒迭代总算力会上升至少100倍。

        做AI调参的童鞋们应该更有发言权,如果算力上升100倍,会迭代出什么怪物。

      • 家园 这个关于新冠疫情的系列文是我见过最好的总结

        拍老师文章太多,有时候找不到重点

        这个系列文章真是字字珠玉,远远超过我这个半业余选手水准

        @铁手

        元宝高亮宝推一下啊,这个才能体现西西河的水平

    • 家园 【新冠已死,新冠当立】4.阴阳为炭,万物为铜

      毋庸置疑,中国取得了新冠至今的阶段性胜利。但是Omicron开启了新冠3.0时代,我们必须向前看,甚至越过目前Omicron在各国的火热的紧急疫情,看向更远处。我们有这个资格,我们也必须如此。

      在这个和新冠的战略相持新阶段,我们护城河很宽广,基础很牢靠,选择很宽裕,比各国都更有优势。最重要的是,比起西方,我们的人民和政府始终更加互相信任、互相配合。我们当然希望能从胜利走向胜利,但是面对新冠这个莫测的敌人,也未必没有被突然翻盘的可能。例如如果出现一个传播速度又远大过Delta和Omicron的变种,又或者跨物种传播成为新的疫情来源,都会给清零政策带来巨大的挑战。

      -----------------------

      我们从一个实验说起。

      冠状病毒品种是不少的,著名的除了非典、MERS,还有些不太致命、长期与人类共存的,很多感冒都是他们导致。去年Jesse Bloom实验室研究了其中的229E,做了一个精妙的实验。他们选择了一些从80年代到2016年这个冠状病毒的变种,又选了当年感染过的病人的血清,用这些有抗体的血清去中和各个时期的病毒。结果发现:(1)病毒在不断产生变种,产生免疫逃逸(2)早期的血清对越晚的变种中和能力越差,8年减少到1/4,16年减少到1/6。(3)更晚的血清能够中和早期的变种。

      拿新冠做类比的话,就好像用2020年感染过原始毒株的人的血清去抵抗delta,甚至穿越到10年以后抵抗当时的新的新冠变种,会发现效果不好。而如果感染过delta的康复病人,或者10年后的康复病人,穿越回2020去应对原始毒株,则没什么问题。

      这个实验的时间跨度很长,好像一个新冠的模拟器,虽然不一定完全准确,但是能帮助我们获得很多多少靠谱的推论。从这个类比里,我们大约清楚的是:

      (1)冠状病毒的演化是不会停止的,人类的免疫和病毒就像两个棋手,在不断的切磋中共同进步。今天你学了招新的,占了优势。明天我想到了应手,又扳了回来。

      (2)有个流行的说法:“病毒会不断增强传染性,减弱毒性。”这个是不正确的。病毒,尤其是新冠病毒,对毒性减弱并没有啥需求。这个流行的说法觉得,如果毒性减弱,那宿主存活时间更长,更有利于病毒的传播,所以基于选择压力病毒会往这方向演化。可是,对于传播的如此成功的新冠来说,根本无需如此。原始毒株已经很成功了,毒性更强的beta毒株更成功,毒性不如beta但强过原始毒株的delta更更成功。

      病毒的毒性并没有减弱,只是我们的免疫变强了,让毒性显得弱了。病毒的变异是渐进的,努力逃避预存免疫,但是难以完全逃逸。所以变异到一定程度,就会继续有能力感染有免疫的人群,但是相应的,有免疫的人群也不会像第一次面对病毒那样被动,多少有防御能力,症状就显得轻了。

      Omicron和此前变种不大一样,它变异的幅度大得多。但其实也多少符合这个推论。这也是最近伦敦帝国学院报告的意思:Omicron本身未必比Delta弱,但是毕竟英国南非等国被感染过好几轮了,疫苗打过不少了,Omicron的变异虽然逆天,也无法完全逃逸预存免疫,当然就显得变弱点了。

      所以“毒性减弱,最终共存”是病毒和人长期博弈的结果的表象,是一种动态平衡,而不是病毒本身的选择。

      (3)在这里,病毒是进攻方,不断发生变异。人的免疫系统是防守方,只能应对。病毒的优势在于,它的变异完全是随机的,所以防守方根本无法提前预测,只能在变异发生后被动防御。而咱们防守方的优势在于,咱们的防御是广谱的。同样的招式对圣斗士不能用两次,我们更不是一招对一招,而是见得多了,就会提炼升华出更一般性的防御措施。香港一个实验证明,得过非典的病人打了新冠疫苗,产生的抗体不只是能防新冠,而是会产生一些对冠状病毒有一般防御性的抗体。这就是晚期的病人血清比较能中和早期病毒的原因。

      好比如果病毒先用一招潜龙勿用,咱们感染后会产生一个对潜龙勿用的抗体。病毒变异,再用一招飞龙在天,咱们不会只产生对飞龙在天的抗体,而是总结一下,对降龙十八掌会有个更一般的对策。此时病毒如果再用亢龙有悔,基本就没啥用了,除非病毒不再用降龙十八掌,重新修炼成玄冥神掌,才有资格再次过招。

      (4)但是这个实验只能说明人和病毒共存后达到平衡的状态,至于如何从病毒最初诞生,通过惨烈博弈(咱们现在这个阶段),最终如何达到这个平衡,则没说太多。

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      了解这个实验是因为王年爽博士的这篇微博:

      https://share.api.weibo.cn/share/271397158.html

      王年爽博士一直从事冠状病毒研究,设计的S=2P技术稳定了病毒抗原蛋白,大幅提高疫苗效力,是包括现在辉瑞和莫德纳两种mRNA疫苗在内的许多疫苗里的关键技术。这篇微博发在今年年初,当时南非beta等变异刚出来不久,Delta还在印度酝酿,Omicron远远没影,但是今天读起来,就像刚写的。由此可以感受业界顶尖科学家的洞察力。

      作为外行,我今年不同时刻多次重读这篇微博,常读常新。对我来说,这篇微博基本相当于新冠病毒的武学总纲。某种意义上,现在写的这个系列,就是围绕这篇微博包的一顿饺子。如果河友感兴趣,王博士今年其他微博也很值得一看,仍然很有时效性。

      针对这个实验和新冠病毒的特性,除了前面泛泛谈的几点,这篇微博又有很多更深入的洞察。这里说三个。

      (1)冠状病毒简单粗暴却有效的生存策略。

      流感、HIV之类的病毒武功都很繁复,尤其HIV基本已经类似独孤九剑了,针对这种招数制作疫苗很难。新冠很傻,基本就会一招直刺(刺突蛋白上的RBD),那显然免疫系统应对不难,制作疫苗也很容易。但是,今天新冠用剑(原始毒株),明天长剑(Delta),后天换了枪(Omicron),同样是一招直刺,换了武器效果就很不同,可以很有效的逃避免疫。

      这就保证了新冠几乎可以不断的逃逸免疫,和咱们一直玩下去。

      (2)通过疫苗软清零的窗口期已经消失。

      如果说咱们清零的策略是用政策硬清零,欧美一开始的策略可以说是用疫苗软清零:如果人群要么感染过,要么打了疫苗,传播就会大大减少,最终消失。就算病毒发生些变异,只要疫苗和预存免疫大概率有效,最终可以实现软清零。

      可惜beta开始就能够免疫逃逸,delta更以其绝伦的复制速度一力降十会,打破了这个梦想。而当各种变种百花齐放的时候,就会形成恶性循环,变种越来越多。

      回到前一篇登山的比喻,变种都在变异,或者想往自己的山头进发(提高自身的感染力和速度),或者想另辟蹊径往别的山头跑(免疫逃逸)。如果只有一个变种,或者一个山头,只要疫苗消灭病毒的速度比往别的山头跑的速度快,那就能把病毒歼灭在这个山头上。但是如果病毒已经多点开花,疫苗效力和速度根本跟不上,只会看到病毒占领越来越多的山头。

      所以到了现在这个阶段,后面只有两种可能:西方硬清零,或者慢慢撑到全球疫情流感化。我们当然希望前者,但是目前看,呵呵。

      (3)疫情流感化

      重要的事情咱不说三遍,生物学家说的“流感化”和自媒体说的“就是个大号流感,没事”“最后都是流感”根本不是一回事。流感化是一个很糟糕很漫长的过程,特么一点也不“没事”。

      《自然》杂志最近发表了一篇文章,就是以前面这个冠状病毒229E实验作为引子,思索新冠疫情的发展。大家偷懒可以看一下这里的中文转述:

      https://share.api.weibo.cn/share/271412464.html

      文中猜测了三个方向。

      最好情况,像麻疹,一次感染,终身免疫。咱们讨论到现在可以看出来,基本没戏。

      其次情况,像呼吸道合胞病毒,小时候感染,长大基本没事。这个希望也不太大。

      最差情况,才是流感。

      咱们回顾一下历史,1918年(源自美国的)西班牙大流感,因为年代久远很多数据无法准确统计,但是平均估计死亡率2%左右,很多地方有10%。那次流感多次反复,多波疫情,花了将近十年,死亡率才逐渐稳定下来。因为流感病毒的不断变异,疫情永远不会消失了。之后再几十年,死亡率才逐渐降到现在大家理解的0.1%以下。一百年来,流感逐渐积累变异,每年都夺取很多人生命。每隔一段时间,或者是细微的变异的积累,或者是跨物种传播的突变(禽流感、猪流感),都会产生一次大爆发、大流行,死亡率激增,夺取更多人的生命。针对流感每年WHO都通过预测,研发两次疫苗,但是一直效果差强人意。

      而且,人类和流感病毒的平衡状态是大约0.1%的死亡率。人类和新冠的平衡状态是多少?未必这么低。而重症、长期后遗症的比例又是多少?

      所以当有人说:“只是个”流感的时候,希望他确实明白自己在说啥。

      https://twitter.com/jbloom_lab/status/1470562617764712448?s=21

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      摆在面前的两个选项:硬清零,慢慢抗到“流感化”。对中国来说,当然前者是最好的,但是这个系列此前几篇文章在分析了硬清零在现在西方体制下的难度。而“流感化”的选择,和新冠“共存”,希望分析到现在,大家明白这个和西方“共存派”说的根本不是一回事,是个多么艰难糟糕不得已的选择。

      但是如果疫情长期化,西方就是不清零,咱们就是被西方拖后腿,几年几十年,这也是无法的选择,也不得不未雨筹谋。下一篇我试图会更深入的推导下“流感化”的问题,可能略有助于分析,但是很难有结论性的内容。

      土鳖,扛一只郁闷的铁牛。

      通宝推:方恨少,happyyuppie,独立寒秋HK,杨微粒,踢细胞,西电鲁丁,拿不准,愣头兔,shyukyo,黄序,回车,newbird,愚弟,非鱼,尖石,乃力,海外俗人,白马河东,心有戚戚,唐家山,小泽珍珠,笑过客,常挨揍,一刻馆皆様,未知如之何,菜根谭,
      • 家园 王辰所说如何理解?

        一个非常关键的问题,就是关注病毒的变异和变异产生之后的稳定性。这个病毒是一个很聪明的病毒,我们说它是“完美级病毒”,它很懂得如何去生存和适应自身,它的生存和适应方式必然是传播性增强,致病率降低,在体内存活时间长一些,这就是它进化的方向。

        致病率降低究竟是病毒自然演化的结果,还是人体免疫能力提高的结果?

        新冠最终的稳定性表现为传播性强,致病率低,是可预期的吗?病毒要经过多少次的迭代才能达到稳定性?

        • 家园 强免疫压力下永远不会稳定

          因为一稳定就会被疫苗和各种病毒抑制药杀死。

          弱免疫压力下,经历几十年或几百年,大致可以找到一个病毒致病性下降到流感级,传播能力最大化,并且跨物种生存的稳定状态。

          • 家园 赞,稍微补充下

            稍微分情况讨论下。

            一个新的病毒刚出来两年,其实和人的互相适应刚刚开始,演化的空间很大。

            一开始肯定是先自我完善,从原始毒株到alpha到delta,都是感染能力、复制速度不断增强,导致毒力也不断增强的。好比有100个人感染,它关心的是能不能从100扩散到300还是500,而至于这100个人多死少死几个没啥影响。但是另一方面,因为预存免疫的存在,原始毒株到alpha到delta,在现实世界的实际住院率、死亡率是下降的。

            陈王兄说的这种,是病毒演化的相对充分了之后,很难用上面的办法加强自己,那么如果一个突变牺牲毒力能获得一些免疫逃逸,仍然是顺着选择压走的。但是这种变化很可能不是线性的,毕竟对毒力的牺牲其实也可能会影响到病毒本身的生存。

            往下说一层,传播能力和致病力是两个独立的属性么?还是其实更多的是正相关的?很多变异导致的和受体的结合能力的增强、复制能力的增强,其实都是同时增加两者的。

            人类历史上很多病毒,其实原生毒力一直没有下降过,只是和人类的免疫系统长期博弈显得弱了些。不说这些致死率本就低的病毒,甚至天花,之所以欧洲人在殖民美洲时导致印第安人大规模死亡,也是这个道理。

            通宝推:陈王奋起,
          • 家园 有道理
        • 家园 疫苗和感染治愈后提高了人的免疫力。
      • 家园 西方的社会结构决定了不可能清零

        再加上广大发展中国家落后的医疗条件和组织力,也不可能清零。

        合在一起,就是这个世界除了中国是净土,其它都是病毒的乐园,想怎么变异就怎么变异(以及变异的N次方),每一种变异都有足够的时间和人命来尽情施展。

        现在轮到中国考虑长远该怎么办(近期肯定是继续动态清零),因为所有外国都躺平了爱咋咋地,没有长远。

        也许只能指望特效药了。

      • 家园 好文章

        好文章

      • 家园 那么问题来了,打加强针还有用嘛

        三岁小孩真的适合打新上市的疫苗?

        • 家园 搬运专业人士的建议

          成人的话,获批的疫苗打了都是有益的,帮助小点也比没有好。新变种的疫苗、更好的疫苗还需要很久出来,到时候可以再打。

          小朋友,请参考这篇:

          https://www.zhihu.com/question/453132988/answer/1942531450

      • 家园 探讨一下

        我还是持那个观点,奥密克戎是美英生物实验室搞出来的“新冠拮抗剂”,“一期临床”在南非(已完成),目前“二期临床”在英国。

        看奥密克戎特性也非常符合:呼吸道高感染,肺部低感染,可以有效阻断德尔塔等其他变异的传播(得了奥密克戎的患者很难再感染德尔塔等其他变异株)。同时,按兄台文中表述,奥密克戎患者产生的抗体很可能对德尔塔也有效,那么再辅以现在的针对德尔塔等变异株的疫苗,那么在几个月内全球硬清零理论上确实可能,前提奥密克戎致死率低(如果奥密克戎确实是人工筛选的,这个应该可以保证),且不再产生新的超级变异。

        所以,接下来几个月,对欧美,对全世界都是一场大考。

        通宝推:bluestarry,
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