主题：【原创】中日欧非印人类全基因组数据的聚类图 -- 瓦斯
如果完整下载400万个位点的数据，可能会昏掉或疯掉。
你说的没错啊，因为这纯属个人突发奇想的行为，所以就没有像你说那么系统地去筛选了，要人工去面筛选一百万个位点是不可能的，只有找到合适的工具才有可能去做，所以就一股脑儿丢进那个软件了，它能给我顺利跑出来就阿弥陀佛了。
这还需要对样品有更详细的背景知识，而我没有这些材料，所以我只能给出一张图，没法做进一步的解读。
If you dig out more information from the loading plot, the other one I mentioned, it is possible to give you some hints. Well, it may be a big task to do so if knowledge about that part on human being.
I myself used the statistic method to analyze some food samples, very different issue from yours. So I can not say more than I could.
Nice to know that the method is getting widely applied. The smart guy who developed it is a scandinavian.
比如CHB和CHD，北京的中国人和丹佛的中国人，按理说在人种上是相当接近的，但在图中的距离相当远。
Hapmap的数据来源于不同的lab，图中的几个cluster究竟反映了生物学意义上的差异，还是不同lab的experimental bias，这是一个问题。
我见过有人做某个位点的数据，相同遗传来源的材料，allele frequency与与已发表的文献完全颠倒，非常郁闷。
群体内的差异和实验室间的差异，应该都同时存在。
毕竟采样数量还是偏小。