主题：【野狐禅】慎独 -- 水风

相对运动嘛，谁绕谁不一样，关键不在这儿。

哥白尼根本不是在阐述事实，他干的事儿是给出了一个托勒密模型的简化版本，而且就哥白尼最初给出的那个模型来说，精度糙的可以，跟大家印象中很不一样的是，这样一个“叛逆”的，划时代的，粗糙的模型，其实在很短的时间内就被当时还是教宗统治下的西方大学系统接受了，原因就是他并没有挑战宗教的地位。

在哥白尼（1473-1543）之后很多年，把太阳放在中心在变成了宗教斗争的工具。跟大家想象中又不一样的事，布鲁诺（1548～1600）被烧死的原因跟他的科学观点没什么关系，而是双方所属的教派不一样，是宗教内斗。

伽利略(1564～1642)是在研究“力和运动的关系，得出了一些结论”，但，没给出任何“数据”。

牛顿（1642-1727）的天文学是从牛顿的力学中推导出来的，没涉及任何经验成分，这也是牛顿让哈雷这小子五体投地的原因，以至于哈雷小弟倾家荡产也要帮牛顿大哥出书，书名就叫《自然哲学的数学原理》。

当然，哈雷最后是发财的大了去了。

开普勒（1571-1630）也许是唯一一个符合从经验到理论的家伙，但，无论是伽利略还是牛顿，都不是从开普勒的定律出发的进行研究的，换句话说，开普勒的存在与否和后来二位的研究没什么关系。

提问，不爱老师：

整体的方法论是科学的还是哲学的呢？

能不能引入直觉和理性的概念，现在通常的科学研究用的方法论是不是这样的：用直觉寻找把握（整体）方向，用理性分析个体。（这几天看科学史和哲学史搞得满脑子糨糊，得到大概这个说法）

不爱兄下面说的混沌学和分形学（可以取代直觉）成为各学科通用的方法论吗？

但是在分子水平上的in vitro实验是很难考虑的(即使in vivo也是一定程度上的)，毕竟连一个基本的机制都不清楚，何来针对单个特例的解释。这么多年的努力，大量实验数据和技术的发展，使得个体的生物信息的测量和建立成为可能。有人说web1.0，让我们看到了海量的信息，web2.0，让我们可以交流，那么web3.0，为什么不能是建立个人信息的平台。这里的个人信息不仅是出生日期，籍贯等等，而是与生俱来的遗传信息。花生同学不就贡献了自己的SNP拼图哈？这一次google又走到了前列，查查基于Illumina microarray技术23andme.com，使得建立个人的genome，已经不是遥不可及的，而且孕育着巨大商机。看看Google的Summer school projects里有多少是life computing相关的。IBM的名机之一---“Blue GENE”，大家都知道，可别忘了它在yorktown的RC里的大量 work in biocomputing的人们。Microsoft也不落后，几年前就招了一批人去做bioinfo。这样的例子太多了，某种意义上，21世纪是生命科学的世纪。对这句话，想来大家10年前的感受和现在有所不同啊。

其实中医一直秉承着个体差异性，但是由于没有一套类似西方科学这种研究体系，有些时候会觉得在忽悠。感觉医学相对来讲，要比生物更注重个体，毕竟大面积的瘟疫还是数的过来的，而各种特色疾病是层出不穷滴。

就不仅仅是自然科学可以结决的了。就像克隆羊一样，会有很多其它的问题。想来OP只是在探讨生命科学或者某些相关的哲学问题，而非社会科学里的解决办法。坦白的说，这些问题，至少现在看起来，难以解决。

在探讨具体问题的时候，我个人不主张使用哲学意义上的方法论，我觉得那太虚无无助于解决实际问题。所以，我只关心科学上的方法论。

我这里说的还原论与整体论是指科学意义上的方法论。还原就是对整体分解细化的过程，整体论就是对组成整体的主要（多）个体之间相互关系进行整体分析。

我想你这里的“直觉"是指科学家在了解了大量的信息,并对这些信息做了充分的归纳整理而后,利用科学家具有的某种"科学直觉"确定研究方向这一过程,然后使用某种"理性分析"手段做进一步推论结果,并付诸实施验证自己的方向正确与否.我不否认你所说的是进行科学探索过程中一种行之有效的方法，这个强调的是科学研究探索这个过程所使用的方法。我上面提到的还原论与整体论更倾向于确定科学研究方向的方法。

混沌学和分形学是研究复杂(非线性)系统分支学科.混沌学与其他学科结合能处理一些很复杂的非线性系统行为问题，比如说他们为气候预测,股票交易等提供了相对有效的数学工具,但能否成为通用的手段,这个我觉得目前还看不出来.毕竟混沌学和分形学还是刚刚发展起来的学科.

希望没把你绕糊涂.科学史是个好东西,Steven Weinberg说"科学史是科学哲学的解毒剂",我也喜欢研究科学史,以后有空多切磋切磋.

完美的，无缺的，无疾病、无体缺、无心理性格缺陷，只有美貌、强健、高智商、常青、长寿等等，完美的。

然后大家开始依照完美模板进行“基因整容”？

全世界的人的肉体都可以是完美的了。反正那个时候碳基生命的发展也到尽头了，基因整容只是对那些留恋肉体的人的一点自我安慰而已。那时侯人类可以把包括灵魂再内的一切记忆数据上传到网络中去，要不要肉体都是无所谓的，自由意志才是时髦的。

别抱怨我跑题我最喜欢找机会科幻一把。

哥白尼更多的是因为是个柏拉图主义者,坚信"宇宙应该更简洁一些",不满足于托勒密模型的那些这轮那轮的太复杂,所以抛弃了地球中心,改用太阳中心,这样能更简单地解释行星逆行,但是哥白尼没有给出地球运动的明确物理解释,这个在当时的人看来确实说服力不强.

不过,也不能简单地说"哥白尼干的事儿仅仅是给出了一个托勒密模型的简化版本".哥白尼毕竟让人们开始思考到底是"地心"还是"日心"的问题,说他日心说引发一场科学革命也不为过.

开普勒比较有趣,他实际上是"与哥白尼一个路数"。他去第谷那里之前搞的那个五种正多面体宇宙模型说明他是个“完美宇宙论”者，不过第谷死后将观测数据给了开普勒，开普勒终于可以尽情展现他的数据处理天赋，开普勒三定律在天文史上绝对是个不小的进步，不说别的他抛弃圆而用椭圆描述行星运行轨道绝对是个创举，在他的模型里地心说日心说里那些这轮那轮都不见了，这正是他坚信“宇宙应该更简单”的思想的体现。

伽利略是按照另一个思路来的。他觉得日心说相对简单，那就应该有道理。所以他解决的问题出发点在于向人们解释“地动”的物理原理。他的那些物理先驱工作为牛顿的力学铺平了道路。

柏拉图主义和亚里士多德主义可以说作为西方哲学的两大倾向直到今天依然存在，简单的说就是应该从人到上帝还是应该从上帝到人，路数不同而已。而这背后共同存在的则是对“本源”的追求，不停的追问世界的“本源”是什么，这也是西方文明和中华文明最根本的不同之处。

但，我们面对的世界只有一个。追问本源的存在不代表不追问本源就不应该存在。如何面对本源的“不在”，既是包括柏拉图主义和亚里士多德主义在内的西方哲学问题，也是西方文明在追问本源下所诞生的科学所需要面对的问题。

就此打住。

那么很有可能，要是大家都跟我一样想，起码200年内不用担心会成为现实。

web3.0，那个东西听起来太玄了。2.0也不喜欢，谁来保管处理我们的保密信息呢？

21世纪实际上是将生物科学家变成生物工厂的奴隶的世纪。只不过以前的蓝领工人，现在需要有一个PHD才能有资格被剥削。

今天刚看了草纹介绍的电影，满脑子都是要控制人类的狂人之类的东西。不说了，再说就胡说了。

哪里都不安全，没有是最好的，那又何必做研究呢？

如果一门学科不能得到广泛的应用，它能发展吗？就像现在的计算机一样，也可以说把一些计算机科学家变成工厂的奴隶，但是不也有很多科学家在做research吗？

至于web3.0只是那么一说，personal genome的实现对诊断有很大帮助，但确是会带来一些生命科学不能解决的问题。例如这个信息要不要被医疗保险公司知道？不让它知道，是对它不公平，让它知道，有可能对患者不公平。就像多利一样，科学上巨大成就，实际操作问题多多。

所有的获得都是通过付出得到的。

web3.0能够带给我们什么？我们需要的付出又是什么？

同样的问题，也适用在个人的基因组序列等严格的个人秘密上。目前这个序列，还不会对于个人的医疗保险造成影响。国内我不知道，至少在这里不会。因为这里注册医疗保险，是不需要获得个人的健康状况的。跟汽车保险一样。等你出过事，然后再调高你的交钱等级。我认为这个做法还是比较合理的。

目前的问题，是对于这些序列的解读问题。如果你包含某个突变基因A，理论上，罹患糖尿病的患者中，有3%的人，带有这个突变。但是这并不表明你就是属于这3%，或者说你有3%的可能性会有糖尿病。只有在大规模的个人序列获得之后，通过统计学方法得到的，3%的带有这个突变的人有糖尿病，才能够说你有3%的可能。因为人类种族的多样性，这个样品数需要很大才有意义。另外，还有众多基因间的相互作用问题。所以目前，我们还不需要担心这个问题。

好像也有类似的问题，不过照样活过来了。当然3.0会怎么样是另一回事。

正是由于Illumina的出现，打破了Affymetrix的垄断，所以成本降到原来的1/10，也就是说普通老百姓得到自己的genome并且了解基于遗传的健康信息成为可能，这也是为什么23andme被大家看好的原因。但是，诚如你所说，这里面还有大量的工作要做，但是蕴含的商机已经显露出来。就是Affy，也开始向consulting转向。

事实上，可以设计合适的探针来做这个。一个Chip上放上万个探针是很平常的事儿，可以很快地得到统计学意义上的SDE gene，但是生物学意义上的SDE gene，则需要很多努力。

已经是1000X1000了，据说技术上上，很快可以达到2000X2000的水平了。理论上，分辨率可以达到每芯片上千万的水平。所以最新的预期是2015年，个人基因组测序的花费是100美元，包括从收集血液开始，到拿到全序列。

这个技术上已经完全没了问题，问题还是在于如何去解读。要想赶在收集足够的个人基因组之前能够完成这种研究，只有一个法子，就是利用现在过剩的生物学博士生和博士后的资源，开展工厂式操作，每个人发给一个基因，然后有操作规程，去做就是了。这就是我所说的PHD蓝领化。这不是危言耸听，即使政府不这样干，也会有大公司自己投资这样干的。

跟基因组不同，这个解读，一旦完成，甚至是部分完成，可是会完完全全的产生直接经济效益的。

所以，目前这个状况，与web2.0是完全不同的。因为涉及到直接的经济利益和个人机密信息的掌控。