主题：【讨论】NIH的新老大在21号的S上说 -- 喜欢喝冰茶
家园 【讨论】NIH的新老大在21号的S上说 最近几年他主要推动highthoughput技术的发展，听起来照这意思是不是以后DTC genetic testing可以更便宜了，要是测一个Genome能降到2－3百刀听起来还是很好滴。
28号的S上说deCODE有点儿抗不住了，烧钱也得找个有钱的不是？好像前一段儿google又给23送了点儿木柴，不容易哈。
网络版的挺快，就是不如拿着手里看爽哈。
家园 DTC有点远 如果high-throughput能推动disease-association study 到一定的程度，已经很不错了。如果一个Genome 一千刀，10M就能做一万个样本，这对搞SNP的人来说已经很爽了。未来的DTC，我倒觉得未必要做sequencing，针对特定的疾病，搞个array,更实用。
家园 在可预见的将来，这个美好愿望是没戏了 他那么说，是给国会大老看的，刚拿到10个billion，也得有个响不是，国会那帮人要10个billion两年内看到效果，可能吗？如果搞医学的，给点钱就可以两年出结果，那现在艾滋病早就攻克了，这个stimulus money就是内行忽悠外行的东西。这10个billion就是维持美国医学研究不发生不可逆转的倒退的，要说促进，那是天方夜谭。
另外genetic testing 只是对已发现的突变有用，简单点就是单个点测序，基本上一个点就得几百美刀，你说的whole genome genetic testing从现有技术上来说是不可能的。一个几百kb的致病基因都不可能保证100% reading proof， 更别说3000 Mb的genome了。
家园 测序准确率倒不是个问题 现在做whole-genome sequencing，一般都有5倍以上coverage，校正测序位很容易。
家园 NIH本来就是烧钱的 DOE，NSF不都是干这个的。NIH烧了几十年了，医学有进展，相对于投资，收效如何？这个仁者见仁吧。
至于DTC，400刀早就不止一个点儿了。NGS做whole genome并不是big deal，两三千吧，差不多能测一遍。问题在于解读上，Bioinfo折腾了半天，还是blast管用，现在其实是个scale的问题，最近不是又有人折腾出来新的算法。从诊断上没有人追求的是100％的准确，更何况phenotype并不完全由genotype决定，即使100％也未见得一定能表现。把这个东西作成新生儿检测的一个标准routine，市场还是很大的。
家园 我有没有听错 呵呵，美国医院做个血常规都要300大刀，这么高科技的东西400刀还可以多个点，那你还让不让医院活了？ 2，3千刀就可以读一个genome？就算有人做，做出来的也可以说是垃圾，能达到90%proof就谢天谢地了，而且这种级别的在医学应用上的意义可以说是零。全美排位第一的遗传病，两个loci都克隆20年了，到现在还不能对病人进行有效的high throughput全基因测序，这也就几百kb而已，谈整个genome，以现在的水平来说，近乎痴人说梦。而且whole-genome sequencing的问题不光是算法的问题，如果raw data 的noise太大，算法再先进，也是做无用功。
- 复 我有没有听错
家园 到DTC了，还什么高科技 唬人罢了，SNP的准确性其实没什么问题，问题在于结果的解读，有些时候是互相矛盾的。至于QC还是可以接受的，有的要来回测两次，有的四色码其实可以鉴定SNP的，否则NGS现在不会热的发烫。老大测的时候，SNP的准确性是没什么问题的，主要在解读让老大很郁闷。
至于医院，嘿嘿，你以为他们不想啊，现在，医生、律师、保险公司都想插一脚。
家园 你太乐观了， 发现snp不难，难得是准确发现所有的SNP，这才是whole genome sequencing的basis，就连几十亿刀砸出来的human genome都不能保证100%可信，几千美元就想来个whole genome resequencing 那绝对是没戏的。这些题材的热炒势必和当年的攻克艾滋病的豪言壮语落到一样的下场
- 复 你太乐观了，
家园 准确发现已知的SNP并不见得是 一个很有挑战性的东西，问题在于重构序列的时候，要以已知的reference seq为准，所以如果ref seq有问题，那NGS是没什么办法。这东西总是要依赖一些已知的东西，不过如果已知的东西不准那就只有烧香了，现在已知的生物／医学数据库里面垃圾也不少。
这东西现在看技术成本是越来越低，问题在于对已有知识的解读，这才是真正的挑战。基于现有的信息也许能对某些特异的无phenotype的遗传疾病给于一个合理的预测，例如80％，其实就够了，这样医生开药的时候，至少能降低可能的风险。至于是不是一定降低某个病人的风险，那没人保证，毕竟统计是针对population，而不能保证规则一定适用于每一个个体一样。
家园 看来你被那些所谓的基因公司忽悠的太多了 一是ref seq 不全，二是从专业角度来说，现在的技术不可能保证一次测序可以达到100％的reading proof，一个简单的例子，我有一个致病基因，1Mb大小，测序结果很好，99％ 可信，但这意味着10 kb 的序列可能有问题，如果你把病人测完，发现有10 kb 序列不能用，而且这些序列是随机分布在整个基因中，不知道你是宣布这个人是有病还是没病。现有技术可以保证把 1 Mb全测出来，但那花费就不是几千刀的问题，而是几倍乃至几十倍的问题。更头疼的问题是即使你全测出来了，由于没有足够的ref sequence，你怎么去分辨哪些SNP是致病点，哪些不是？两个现实的情况： 一是医院只能测已知的突变点，而且false positive 还相当高； 二是我知道的全美最好的一个针对某个遗传病的实验室还在绞尽脑汁地想怎么可以在10 年内有效把病人的致病基因的exon全部测出来， 注意他们的目标只是一个基因的exon，因为要加上intron的话，他们自己都觉得不现实，所以说， 除非技术突破，否则你说的那些梦想在20－50年内没有可以实现的可能性。
家园 呵呵，忽悠？什么东西不是忽悠？ 你以为现在的技术就没有吗？看程度吧。这个世界的经济就是吹起一个泡，然后破了，再吹一个。但是都没用吗？没有IT的大泡，现在计算机也没这么普及吧。
你这个例子就是99％的可能，俺已经说了统计是针对整体的，而非个体的。当然，从个体上讲，只有有或无的选择，但对于整体而言，却有一个概率的问题。在你的例子中，如果我知道你有如此高的可能性，并且你正好有别的病要吃药，但有些药可能对你这种潜在的疾病有害，那我就建议你最好换一种，但是换不换是你的抉择。这个世界上没有100％的东西，特别是人体，病人和病人还不一样呢。吸烟有害健康，可也不少烟民长寿，但这并不代表吸烟就无害了。
家园 看看illumina怎么说的，你就明白什么是忽悠了 Personal genomics FAQ. You can discover information related to your health. It is important to know that the information you receive is just that, information, not clinically validated, nor conclusive, nor are these services approved for diagnostic use. Also, the information you receive is not a test or a kit designed to diagnose, treat, or prevent disease or medical conditions, and is not intended to be medical advice. What you do receive is probabilistic rather than deterministic. This means that even if you are more likely to have a particular health condition, you might not actually experience that condition.
illumina这个收费是$50,000,我敢肯定的是它就是一个只能测某些已知致病基因的chip，而不是测整个genome，illumina也不担保数据的准确性。说到底就是给有钱人烧钱的玩具，查查奥巴马祖上有几种血统可能还管用，至于临床意义基本很小。